关于播州的善后，李化龙在平播战后向朝廷提出播州善后事宜疏——复郡县、设屯卫、设兵备、设将领、急选调、丈田粮、限田制、设学校、复驿站、建城垣、顺夷情、正疆域，十二条建议。
另外，御史李时华也提出——要选留大帅、更置郡县、清理疆界、优恤驿站、修筑城池、府官移镇、议归楚地，七条建议。
七月间，兵部代表朝廷颁下关于播州善后诸事宜——一宥无辜、一安地方、一禁豪强、一夷险隘、一计善后。
战后播州，土民十存一二，有大量的抛荒土地，而且播州地界与周边土司、州县犬牙交错，兵部虽在议改土归流，但勘定边界和丈量田土却一直未落实。四川巡按给沈一贯的书信中也提到——原有地者皆欲多占，原无地者亦思妄认，四方流民充斥其间，皆来占籍，而各土司指以杨应龙侵夺为名，纷纷告争边界。
沈一贯也将此信报与朱翊钧，言若此下去，‘川贵地区将漫无统记，至相争杀，黔既不敢问，蜀又不敢言’，并请及早选出川贵总督。
八月，李化龙丁忧归杜门，西南局势并不稳定，急需选出新的总督来协调。沈一贯亦屡次上疏催促朱翊钧尽早选出川贵总督，之后吏部会推京营尚书王世扬接任，惯例郭子章陪推，只是两人皆被否定。
不久，吏部再次会同九卿科道推选，以陕西巡抚贾待问、宣府巡抚王象乾为人选，奏请朱翊钧点用。他却迟迟没有不点，十月底，沈一贯再次上揭贴催促，言道——经过两三年筹措，方平定杨应龙，然如今播州形势紧张，应急选总督前去平稳局势，伏乞即赐点用，令兵部马上传发，刻期到任，以图善后长策，舒西顾之忧。
朱翊钧迟迟未答复，告病在家的沈一贯内心若焚，遂再次上疏言及——善作不如善成，善取不如善收，如若不及时选用总督前往统瞎，则西南之乱未有涯。
十二月，督臣李化龙、郭子章、巡抚江铎班师回朝，槛送播州叛军酋首杨应龙等六十九人抵达京师。
兵部覆偏沅巡抚江铎所请征苗四臣梁云龙、督饷魏养蒙、张天德，左监军王应霖，记功宜如所议。随后兵部再覆督臣李化龙槛送播酋行法司拟罪献俘。
礼部择日祭告太庙宣捷。另外，沈一贯又奏请朱翊钧以征播功成御楼受俘，“容臣是日扈从登楼，一申起居以表瞻天就日之诚，以明泰交晋接之礼微臣窃籍荣宠而圣主推心降接之隆，有光畴昔盛世君臣同游之盛。”
一如东征献俘礼，沈一贯请朱