早在正月间，内阁就召集了一次各部、寺参与会议舟师问题。
因朝鲜水师在漆川梁海战惨败，也导致朝鲜战场上急需一支能战的水师。但此次会议却与蔚山战役没多大关系，实为讨论捣巢日本本土的计划。
这提议是御史徐兆奎所题，兵部讨论之后，觉得可行，不但赞同了徐兆奎的意见，还描绘了一幅攻打日本的大致蓝图。
关酋背道逆天，虐用其众，闻各岛愤怨已非一日，纠合出奇，诚因势利导之策也。举事莫先于浙，尤莫便于闽、广，以日本多两省之人，可以响应。两省多近洋之国，可以结联，加之商贩杂出其间，可以别用。是在各督抚，同心秘计，随便酌行，如忠义可鼓，勿待正兵。事机可乘，勿待奏报，而一切假之便宜，毋以议论束缚，致令掣肘。
对此计划，朱翊钧表示同意，也很快做了响应，将熟知日本情况，并有意愿出兵攻打日本的广西总兵童元镇调至浙江，又把浙江总兵李应诏调至广西。
但就在下达了两省易帅命令之后，广西就爆发了瑶民叛乱，为了镇压瑶民，童元镇不得不拖延上任时间，广西巡抚还上疏请求暂留童元稹，等事平息之后，再放人赴浙江上任。
朱翊钧只得同意，但另一边，浙江巡抚也考虑浙江同为海防重地，又上疏朝廷催童元稹尽快赴任，如若不行，则请求留下原浙江总兵李应诏。
由于广西战事的拖延，童元稹也迟迟未能赴任，于是捣巢日本本土的计划也就此搁浅。
在蔚山之战结束后，后续新到的援军有蓝芳威统领的五千浙兵驻守公州，继续开赴朝鲜战场的还有：三月二十从张家湾起行的5100广东兵，由陈璘统帅；正月里就起赴的二千南赣营兵，由傅良桥统帅；一万川兵，由刘大刀统领，将抵辽阳；一千福建兵，有许国威统领。
开赴中的水师有李天常统领的两千吴淞水兵；万邦浮统领的二千南京水兵；已驻扎天津的1300福建水兵，待造完船后出海；三千浙江水兵在去年底就已起行，沈茂统领，如今已过德州；三千广东兵有张良统领，已在途中；1500狼山兵，由福日升统领，正月间乘船至山东灵山卫；还有同样正月间出海的三千沙兵，由梁天胤统领。
到了四月二十七日，陈璘率领的广东兵已到达辽东，而刘綎所率的川军已进入朝鲜义洲。五月，刑玠又题吴广领水兵属刘綎节制，陈璘领水兵赴鸭绿江从之。
至五月中旬，入朝的明军兵力已近十万人。