所在庄园发动进攻，抢夺地主老爷们的钱粮财物，进而会进攻州县城池，威海、成山卫城，还有文登县城已经先后失陷。
卫所军毕竟是军队，至少和普通百姓相比，那些军官还是懂得一些战斗技能的，这些造反军户又占据城池，一般而言，想剿灭并非易事。不过这次进剿他们的却是最精锐的辽东禁卫军，而且足足两万大军！
周遇吉登陆登州水城以后，先是派兵控制了登州府城，把登州城牢牢控制在自己手里。面对周遇吉的强势，登莱巡抚、登州知府、监军道、督粮道等登州官员都不敢吭声，济南兖州等府官吏的下场震慑了他们，他们生怕周遇吉也对登州官场来一场清洗。
剿匪在即，周遇吉却没有时间理会这些官员，控制了城防，控制了粮仓之后，先分兵攻取黄县、招远，周遇吉自己则亲率主力向东攻向各处卫所。
有的卫所被叛军占据，周遇吉一到便发动进攻，他随军携带了红夷大炮二十门，皆用海船装载随行，到达沿海卫所之后，靠着红夷大炮能轻松轰破卫所城墙。往往城墙轰破，叛军便会不战而降。便是有叛军想负隅顽抗，也不是精锐的辽东禁卫军的对手。
不过胆敢抵挡禁卫军的根本没有多少，大军一路清剿，也只在威海卫打了一场硬仗，先是击溃了胆敢出城迎战的叛军，然后以火炮轰破威海卫城，大军攻入城中，斩杀负隅顽抗的叛军数百，其他叛军便不战而降。
攻占卫所之后，先进行甄别，把带头叛乱的头目还有卫所将领统统抓出来杀头，至于普通的叛军，则一律用船送往辽东屯边。辽东现在地广人稀，有的是土地，这些叛军被押到辽东后先做两年苦力恕罪，然后会分给他们田地耕种。
至于没有参与卫所，禁卫军占据以后，也会把卫所将领们揪出来，以畏敌如虎、失职、侵占军田等一系列罪名抓起来充军辽东，他们霸占的军田自然也会充公。
很快朱由检派人来到登州府，宣布所有沿海卫所军户一律改为民户，军田则充为官田，分给这些普通军户耕种。从此以后，这些军户便和清田司所属其他民户一样，只需要缴纳田租，不需要再承担军役，田租的比例远低于给将领们当军奴。
这项政策一出，沿海军户们欢欣鼓舞纷纷向济南皇帝所在方向跪拜磕头，高呼万岁。
再接下来，平定叛乱的速度更加迅速了，周遇吉大军一到，各叛乱卫所纷纷归降。能分到田地过上安生日子，这些军户也不想造反。
用了两个月时间，周遇吉率军占领了登州府所有卫所，并占据了莱阳、栖霞、文登、黄县、招远、宁海、福山等州县，每个县皆屯兵千余。
而于此同时，张世泽也击败了十数支农民军，占领